มะพร้าวเป็นส่วนหนึ่งของยาแพทย์แผนไทยมานมนาน มีคุณภาพในการช่วยให้อาการไข้ ตัวร้อน แก้ร้อนใน แก้ท้องเสีย แก้ปวดเมื่อยกล้ามเนื้อ และเพิ่มพลังแทรกซึมของตัวยานวด แก้ปวดเมื่อย ช้ำบวม อักเสบ
รักษาแผลเรื้อรัง โดยเอากะลามะพร้าวถูตะไบ ได้ผงละเอียด ผสมกับน้ำมันมะพร้าว ผสมพิมเสน ทาแผลเรื้อรัง
แก้จุกเสียดแน่นท้อง ด้วยการเอากะลามะพร้าวเผาไฟให้เป็นถ่าน บดเป็นผงละเอียด ละลายน้ำอุ่น ดื่มแก้จุดเสียดแน่นท้องได้
นอกจากนี้ คนโบราณยังใช้รักษาอาการปวดฟัน โดยเอากะลามะพร้าวที่แก่จัด มีรู ขูดเอาเนื้อออกใหม่ ๆ ใส่ถ่านไฟแดงลงไป รองน้ำมันมะพร้าวที่ไหลออกมา ใช้สำลีพันปลายไม้ชุบน้ำมันมะพร้าว อุดรูฟันที่ปวด แก้คลื่นไส้อาเจียน ด้วยการเอามะนาว 1 ซีก บีบผสมน้ำมะพร้าวอ่อน เอามาดื่มลดอาการคลื่นไส้ได้
ทั้งยังมีการนำมาใช้เป็นส่วนผสมในการรักษาแก้โรคบิด บำรุงผิวพรรณ แก้ปัสสาวะขัด แก้เมาเหล้า แก้ไอ แก้ชันนะตุพุพอง แก้รังแค รักษาน้ำกัดเท้า แก้ผื่นคัน รักษาฝ่ามือแห้งแตกและเล็บขบ แก้เบาหวาน แก้ปากเปื่อย ปากเป็นแผล รักษาแผลไฟไหม้ แก้ไข้ทับระดู รักษาลำไส้อักเสบ แก้อีสุกอีใส รักษาอาการ เคืองตา เป็นต้น